1938年，原中央研究院天文研究所從南京遷到云南省昆明市東郊鳳凰山（現(xiàn)云南天文臺臺址）?？箲?zhàn)勝利后，中央研究院天文研究所遷回南京，在鳳凰山留下一個工作站，該站隸屬關(guān)系幾經(jīng)變更，1972年經(jīng)國家計(jì)委批準(zhǔn)，正式成立中國科學(xué)院云南天文臺。2001年，經(jīng)中央機(jī)構(gòu)編制委員會批準(zhǔn)，將北京天文臺、云南天文臺等單位，整合為國家天文臺。云南天文臺保留原級別，并具有法人資格。

截至2013年6月，云南天文臺共有正式職工240人，其中科技人員為210人?？萍既藛T包括院士1人、研究員 28人、副研究員和高級工程師 50多人。博士研究生60人，碩士生62人，在站博士后5人。

云南天文臺是國家首批博士學(xué)位、碩士學(xué)位授予點(diǎn)，設(shè)博士后流動站?，F(xiàn)設(shè)星系物理研究組、恒星演化研究組、恒星理論研究組、高能天體物理研究組、太陽光譜研究組、太陽射電研究組、應(yīng)用天文研究組、光電實(shí)驗(yàn)室8個研究團(tuán)組和麗江天文觀測站、澄江太陽觀測站。主要學(xué)科方向包括：活動星系核、恒星演化、變星和雙星、太陽活動區(qū)物理、南方天文選址、天體測量與精密定位、天文新技術(shù)研究等。

云南天文臺現(xiàn)有主要設(shè)備包括：上世紀(jì)80年代由德國引進(jìn)的1米光學(xué)望遠(yuǎn)鏡一臺，1.2米國產(chǎn)地平式光學(xué)望遠(yuǎn)鏡一臺，2006年從英國引進(jìn)的2.4米光學(xué)望遠(yuǎn)鏡一臺，用于承擔(dān)探月工程地面數(shù)據(jù)接收任務(wù)的國產(chǎn)40米射電望遠(yuǎn)鏡一臺?，F(xiàn)正在建設(shè)撫仙湖太陽觀測站，計(jì)劃2010年6月前安裝國產(chǎn)一米紅外太陽望遠(yuǎn)鏡一臺。

建臺以來，云南天文臺共獲得國家科技進(jìn)步一等獎一項(xiàng)、二等獎一項(xiàng)，省、部級一等獎16項(xiàng)。2007年，黃潤乾院士獲《云南省科學(xué)技術(shù)獎突出貢獻(xiàn)獎》（云南省最高科學(xué)獎勵）。從1999年至2008年，云南天文臺在SCI刊物發(fā)表研究論文510余篇。

云南天文臺與英國劍橋大學(xué)和牛津大學(xué)、美國國立天文臺、德國馬普學(xué)會、日本國立天文臺、南京大學(xué)、北京師范大學(xué)等許多國內(nèi)外著名天文研究機(jī)構(gòu)，在天文學(xué)觀測與研究、望遠(yuǎn)鏡及其終端設(shè)備研制、天文新技術(shù)研究等方面，建立了廣泛合作關(guān)系。長期以來，云南天文臺獲得了云南省各級政府與相關(guān)部門的大力支持。